بسم الله الرحمن الرحیم
از آنجا که منافقین خائن به هیچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه مىگویند از روى حیله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آنها از اسلام ارتداد پیدا کردهاند، و با توجه به محارببودن آنها و جنگهاى کلاسیک آنها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاریهاى حزب بعث عراق و نیز جاسوسى آنان براى صدام علیه ملت مسلمان ما، و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانى و ضربات ناجوانمردانه آنان از ابتداى تشکیل نظام جمهورى اسلامى تاکنون، کسانى که در زندانهاى سراسر کشور بر سرموضع نفاق خود پافشارى کرده و مىکنند محارب و محکوم به اعدام مىباشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با راى اکثریت آقایان حجهالاسلام نیرى دامت افاضاته (قاضى شرع) و جناب آقاى اشراقى ) دادستان تهران) و نمایندهاى از وزارت اطلاعات مىباشد، اگر چه احتیاط در اجماع است، و همین طور در زندانهاى مراکز استان کشور راى اکثریت آقایان قاضى شرع، دادستان انقلاب و یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازمالاتباع مىباشد، رحم بر محاربین سادهاندیشى است، قاطعیت اسلام در برابر دشمنان خدا از اصول تردیدناپذیر نظام اسلامى است، امیدوارم با خشم و کینه انقلابى خود نسبت به دشمنان اسلام رضایت خداوند متعال را جلب نمائید، آقایانى که تشخیص موضوع به عهده آنان است وسوسه و شک و تردید نکنند و سعى کنند [اشداء على الکفار] باشند. تردید در مسائل قضائى اسلام انقلابى نادیده گرفتن خون پاک و مطهر شهدا مىباشد. والسلام.
روحالله الموسوى الخمینى

در پشت نامه بالا احمد پسر خمینی نوشته است :
پدر بزرگوار حضرت امام مدظلهالعالى
پس از عرض سلام، آیت الله موسوىاردبیلى در مورد حکم اخیر حضرتعالى درباره منافقین ابهاماتى داشتهاند که تلفنى در سه سوال مطرح کردند:
۱- آیا این حکم مربوط به آنهاست که در زندانها بوده اند و محاکمه شده اند و محکوم به اعدام گشته اند ولى تغییر موضع ندادهاند و هنوز هم حکم در مورد آنها اجرا نشده است، یا آنهایى که حتى محاکمه هم نشدهاند محکوم به اعدامند؟
۲- آیا منافقین که محکوم به زندان محدود شده اند و مقدارى از زندانشان را هم کشیده اند ولى بر سرموضع نفاق مىباشند محکوم به اعدام مىباشند؟
۳- در مورد رسیدگى به وضع منافقین آیا پروندههاى منافقینى که در شهرستانهائى که خود استقلال قضائى دارند و تابع مرکز استان نیستند باید به مرکز استان ارسال گردد یا خود مىتوانند مستقلا عمل کنند؟
فرزند شما، احمد

زیر این نامه خمینی نوشته است:
بسمه تعالى
در تمام موارد فوق هر کس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است، سریعا دشمنان اسلام را نابود کنید، در مورد رسیدگى به وضع پروندهها در هر صورت که حکم سریعتر انجام گردد همان مورد نظر است.
روحالله الموسوى